Die Kommission arbeitet im Rahmen einer Arbeitsvereinbarung eng mit dem EPA in den unter diese Verordnung fallenden Bereichen zusammen. Diese Zusammenarbeit beinhaltet den regelmäßigen Meinungsaustausch über das Funktionieren der Arbeitsvereinbarung und insbesondere die Frage der Jahresgebühren und die Auswirkungen auf den Haushalt der Europäischen Patentorganisation.